真空泵中的水垢成分很复杂，硬度也不一样。根据成分不同水垢可分为硅酸盐水垢、碳酸盐水垢及硫酸盐水垢。其中硅酸盐的水垢最硬，难以清除，碳酸盐的水垢较松，而硫酸盐水垢则介于两者之间。由于水垢成分复杂，所以简单地用一种或几种试剂很难除去。目前处理水垢的方法主要有两种，即机械除垢法和化学除垢法。

机械除垢法是一种对各种水垢都极为有效的方法，主要通过人工利用工具清除水垢，但是工作量大，必须对整机进行拆卸，最好与纸机的有计划停机和泵的大修同时进行。

化学除垢法是通过在真空泵内注入化学除垢剂，使之与泵内水垢进行化学反应而除垢的。这种方法虽然简单，但是效果并不好。这是因为，首先要对泵内水垢进行取样化验，根据水垢成分选择合适的除垢剂，再就是在水垢过厚的情况下很难凑效。还有很多厂家被迫使用稀酸煮沸15~60min进行除垢，虽然效果较好，但是普通材质及未作防腐处理的真空泵的内部构件将受到严重腐蚀，间隙增大，缩短了使用寿命。

由于结垢后的真空泵抽气速率下降，因此在一定程度上增加了生产成本，影响了生产的正常进行。因此，如何防止真空泵结垢，维持真空泵持续高效运行，是各使用厂家等待解决的问题，而闭式循环机组可以在不增加电机功率的前提下解决这一问题。